Worksection jest bezpośrednio związany z danymi użytkowników, bazami kontaktów i projektami firm; dlatego istotne jest, aby chronić informacje o tej usłudze.
Od ponad 12 lat system funkcjonuje bez żadnych wycieków danych.
Dane projektów są przechowywane na serwerach Worksection w zaszyfrowanej formie, a z serwisem nawiązywany jest kontakt za pośrednictwem chronionych kanałów przy użyciu szyfrowania
SSL o długości 256-bitów, które jest również stosowane przez banki na całym świecie. Aby zapobiec utracie danych projektowych, Worksection automatycznie tworzy kopie zapasowe.