Worksection je přímo spojen s uživatelskými údaji, kontaktními databázemi a projekty firem; proto je zásadní chránit informace o službě.
Už více než 12 let systém funguje a nedošlo k žádným únikům dat.
Údaje o projektu jsou uloženy na serverech Worksection v šifrované podobě a služba je kontaktována prostřednictvím chráněných kanálů pomocí 256bitového
SSL šifrování, které využívají také banky po celém světě. Aby se předešlo jakékoli ztrátě dat projektu, Worksection automaticky vytváří záložní kopie.