Если я «скрыл» задачу от команды клиента, увидят ли клиенты её файлы, комментарии и подзадачи?

Нет! Ограничение видимости работает по принципу наследования. Если вы ограничили видимость задачи для определенного круга участников, значит никто из этих людей уже не сможет получить доступ, как к самой задаче, так и ко всем её комментариям, файлам и подзадачам.